José Isidoro Morales Córdova, hijo legítimo de don José María Morales y doña Carmen Córdova, nació el 4 de abril de 1836, en Tlalmanalco en el territorio de la antigua Ciudad de Texcoco, cuya parroquia estaba atendida desde hacía tres siglos por religiosos de la Orden Franciscana, perteneciente a la Provincia del Santo Evangelio, a cuya jurisdicción pertenecía entonces dicha parroquia, y donde José Isidoro posiblemente recibió las aguas bautismales, el sacramento de la Confirmación lo recibiría en la Catedral de México, ya que en ese entonces Texcoco pertenecía a esta Diócesis.

Sus primeros años (Texcoco, México)
Sobre su infancia nada sabemos, pero podemos concluir que la pasó en un hogar cristiano y piadoso a donde se vivía y practicaba la religión Católica, Apostólica y Romana y según consta en un documento que el padre Refugio enviara a Roma, que por deducción lógica según los años que manifiesta que tiene en ese informe enviado en el año de 1892 manifiesta que tiene 43 años de profesión religiosa se concluye que a los 13 años y medio aún todavía niño ingresó a la Orden de San Francisco de Asís.

INGRESO DEL PADRE REFUGIO AL COLEGIO SAN FRANCISCO DE PACHUCA (1849)
Ingreso – primeras etapas de formación (1849- 1859)
El año de 1849, acompañado seguramente por sus padres, se presentó a las puertas del colegio apostólico de San Francisco de Pachuca, el jovencito José Isidoro Morales Córdova, quien el día 19 de noviembre de ese año recibió el hábito de aspirante a la vida franciscana misionera, cuando apenas contaba 13 años y medio. En esa calidad de aspirante permaneció José Isidoro hasta que vista su excelente conducta y aprovechamiento fue admitido a la siguiente etapa de formación.

Ingreso al noviciado (1851)
Fue admitido el año de 1851, cuando contaba 15 años cumplidos, al noviciado canónico; al vestir el hábito de religioso novicio, cambió su nombre de José Isidoro por el de José del Refugio, de acuerdo con la costumbre de los institutos de votos solemnes de aquellos tiempos. Nada sabemos cómo pasó el noviciado el p. Refugio, ya que el 26 de mayo de 1860, dos temibles guerrilleros asaltaron el convento tomando presos a los superiores y quemando el archivo del colegio.

Profesión religiosa (1852)
Por un documento escrito con puño y letra del padre Refugio sabemos que el 16 de mayo de 1852, profesó de votos solemnes en la Orden Franciscana, emitiendo los cinco votos que hacían los miembros de los colegios apostólicos, como son: pobreza, castidad, obediencia, clausura y caridad. En este tiempo las órdenes religiosas no hacían votos temporales al terminar el noviciado, los votos perpetuos y solemnes se emitían como una consagración definitiva e irrevocable para siempre, práctica que después se modificó, por las circunstancias que atravesaba, mitigación que se introdujo en 1857, haciendo votos temporales antes de los perpetuos.

Parte del antiguo Colegio Apostólico de Pachuca en donde nuestro Padre Fundador Fray José del Refugio Morales realizó sus estudios eclesiásticos.

Habiendo ya profesado fray José del Refugio, se consagró por orden de sus Superiores al estudio de las humanidades, de la filosofía y de la teología; durante 8 años estudió con entusiasmo y con especial atención el estudio de la Sagrada Escritura, de los Santos Padres y Doctores de la Iglesia con especial cariño a San Agustín y a Santo Tomás de Aquino.

El padre Refugio, en la plenitud de su juventud, experimentó grandes luchas internas como lo reveló él mismo en una de sus pláticas en la que dice: yo pecador; que por una soberbia oculta llevo 20 años enredado en mil escrúpulos y preocupaciones que convierten en sal y agua los más heroicos sacrificios, estas palabras permiten entrever que sufría de escrúpulos desde su adolescencia. De noche oscura califican los entendidos de vida espiritual esas largas horas de prueba a que Dios somete a sus escogidos, y noche oscura a no dudar fue la que sufrió fray José del Refugio en esos años; noche oscura del alma en que todo esfuerzo espiritual parece condenado al fracaso, en que no hay gota de consuelo sensible, en que parece al alma estar abandonada del cielo, de la Santísima Virgen y del mismo Dios.

Mucha ayuda espiritual recibía de su director espiritual; pero como volvía a recaer en el desaliento y en los negros escrúpulos, entonces recibía las reprensiones del director hundiéndolo en el más triste desconsuelo, a estas experiencias podemos referir aquellas palabras suyas: Si me tratas, Padre mío, con el rigor que merezco, mi alma queda hundida en la mayor consternación y me quedo con mis pecados atado de pies y manos; el sueño huye de mis ojos y aún mi misma sombra me espanta, pero gracias a Dios, a la Santísima Virgen María y a su director, pudo superar esas pruebas. Se confesaba dos veces por semana, de acuerdo con el reglamento de su colegio; luchaba virilmente contra las tentaciones, se esforzaba por alcanzar una gran pureza de conciencia, procuraba mantenerse siempre honestamente ocupado, huyendo de toda divagación y de toda ociosidad. A pesar de las sequedades espirituales, no abandonaba nunca la oración en la que encontraba luces que lo sostenían en su duro bregar espiritual.

Así continuó luchando, combatiendo, esforzándose, fray José del Refugio, quien se había propuesto bajo voto de ser imagen perfecta de Jesucristo. Este ideal altísimo más tarde lo propuso a sus hijas espirituales. Todos estos sufrimientos espirituales que sufrió fray José del Refugio, en parte, se debían a sus altos propósitos y a la autenticidad y sinceridad de sus esfuerzos. De vez en cuando el Señor le regalaba delicados consuelos para su alma, por ejemplo: al contemplar el amor de Dios al hombre en el misterio de la Encarnación hecho hombre en Belén, se deshace en amor exclamando: ¿Para qué amas tanto al hombre? Es posible, Dios mío, ¿tanto vale mi amor? ¿Tanto gustáis de mi amor? Tendré valor para no amaros, corazón, alma, vida, sentidos y potencias, cuerpo y alma, ofreceros todos en sacrificio, en holocausto, sobre el sentido fuego del amor de Dios, que este sea el presente, la cuna, los pañales con que recibamos al Divino infante; dulce Jesús, caridad esencial, fuente inagotable de aquel sagrado fuego que abraza a los ángeles, desciende sobre nuestras almas con tu espíritu vivificador, creemos que eres la santidad por esencia y en tu divinidad todo igual al Padre con el Espíritu Santo.

En medio de estos altibajos espirituales de angustias y consuelos divinos sorprendió a fray José del Refugio el inicio de las violentas exclaustraciones de religiosos decretadas por el Gobierno Liberal. El primer colegio apostólico que exclaustraron fue el de Guadalupe de Zacatecas, el primero de agosto de 1859.

Predicción sobre el futuro de la Congregación de las Hermanas Franciscanas de la Inmaculada Concepción.
No olvidaba a sus amadísimas Hijas del Corazón de María, las encomendaba devotamente al Señor y les dio sus últimas instrucciones.
En una de sus pláticas, había dicho sobre ellas y el futuro del instituto:
“Resolveos de una vez a negociar con ellas (la caridad) el valor inestimable de las virtudes, y si Dios no os ha elegido para vivir en la páginas de la historia predestinadas indudablemente os tiene para lucir como piedras preciosas en el templo de su gloria, en donde os deseo ver purificadas vuestras palabras, vuestras obras y vuestros pensamientos.
En sus últimos días, cercanos a su muerte ¡con gran gusto repetía aquellas hermosas expresiones con que antes y ahora exhortaba también a sus amadas hijas del Corazón de María.

Ente la fuerte enfermedad del padre José del Refugio y próximo a su muerte. Sus hijas espirituales inconsolables oraban y suplicaban al cielo y a todos los santos se dignasen tener piedad de ellas y conservara a tan buen padre: pero el Señor acogió esas oraciones para gloria a su siervo y para que transmitiera su espíritu a los que el mismo Dios tenía escogidos para continuar y completar la obra de su ciervo agonizante.
El 13 de abril de 1894, cuando el sol poniente aún brillaba, fray José del refugio Morales fervorosamente suspirando por contemplar la hermosura de Jesús y de María, entregó su alma al Señor.